- Oct 27 Tue 2009 16:22
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本站簡介
- Dec 02 Wed 2009 14:13
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系統發生樹(演化樹)工具匯整網站
最近在處理一些系統發生樹(演化樹)的問題，用了一些傳統畫樹的工具，怎麼畫怎麼覺得醜，無意中發現有個不錯的網站搜集並整理了許多演化樹相關的工具，讓大家在處理演化樹時能有更多的選擇了。
http://bioinfo.unice.fr/biodiv/Tree_editors.html
如果你使用的是Mac電腦的話，下列網站也不錯
- Nov 20 Fri 2009 12:04
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MEME Suit
MEME Suit是一個發掘DNA與蛋白質motif、TFBS (transcription factor binding site)的網頁程式，網址為: http://meme.nbcr.net。
優點: 視覺化，使用上還算直覺
缺點: 上傳檔案的字元數有限制，超過60000個字元即無法上傳 (如果你覺得不爽的話，可以把程式下載回去，安裝在自己的電腦上); 使用說明並不完整; 在FireFox下，有此按鈕會不能作用，要在IE下才能正常使用。
MEME Suit主要包含了兩個motif發掘工具，MEME和GLAM2。
- Nov 06 Fri 2009 10:00
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SNP偵測工具-inGAP
試用感想:
畫面不錯，安裝時需注意，安裝路徑不可有中文，不然不能執行。在linux和mac上，demo會出不來。
大一點的檔案會跑出現"java.lang.StringIndexOutOfBoundsException: String index out of range:3573470"的錯誤訊息。
如果你的read數較少，這會是不錯的工具，read數較多，也許就不太適用了。
inGAP is an integrated platform for
- Nov 04 Wed 2009 23:30
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Perl
Perl是生物資訊常用到的工具之一，因為在網路上還滿容易找到相關資料的，所以在此沒有特別撰寫專文說明，如果各位有特別的問題，可以提出來大家討論討論，我再針對問題回覆。
- Nov 04 Wed 2009 12:52
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Rocks Cluster
待續
- Nov 04 Wed 2009 11:30
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mpiBLAST之建置與效能評估
簡介:
mpiBLAST是一開放原始碼的平行化BLAST程式，mpiBLAST將資料庫切割，並將切割後的數個子資料庫分派給計算叢集中的每個節點，每個節點均被分到一個唯一的子資料庫。資料庫分割後，讓每個節點只需搜尋資料庫中較小的子集，期望能將所需搜尋的資料全部都能存於記憶體(RAM)中，減少磁碟存取(disk I/O，disk I/O耗費的時間遠大於RAM存取的時間)，以增加BLAST的效能。
但是，mpiBLAST在進行資料庫切割、分配子資料庫與工作、傳輸資料、收集彙整節點所產生之結果上，均花費額外的時間，因此，本次實習主要在測試在不同資料庫、不同節點數量、不同長度序列上mpiBLAST效能的差異。
測試環境:
硬體:
- Nov 04 Wed 2009 11:28
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在JBuilder上安裝Jython
在JBuilder上安裝Jython
從http://www.jython.org/Project/index.html下載jython。
下載完成後，請先進入cmd，然後進入安裝檔所在的目錄下，鍵入java -jar jython_installer-2.x.x.jar。
此時會跳出安裝畫面，過程中，安裝程式會詢問你jdk所在位置，選擇JBuilder目錄下的jdk，然後，jython即會安裝在JBuilder下。
這樣就能使用了嗎??
- Nov 04 Wed 2009 11:27
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SAM-Significance Analysis of Microarrays
SAM(Significance Analysis of Microarrays)是一種用來尋找microarray中顯著基因的統計工具，是由VB撰寫而成的Excel增益功能，由於該程式是用VB寫的，所以目前只有Windows版本可用，其它作業系統還沒有支援。在Office的版本上，也只支援到2007以前的版本，雖然在Office 2007上可以安裝成功，但是卻無法使用。
本篇文章只討論SAM的安裝與使用，關於演算法的部份，未來有機會再以其他文章介紹。
安裝:
在安裝前，首先我們要先下載軟體，我們所需要下載的有:
Excel: 下載點 (這是不能說的秘密!!呵呵呵!)
- Nov 04 Wed 2009 11:26
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在bioconductor中讀取gpr檔發生錯誤的解決方案
- Nov 04 Wed 2009 11:24
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如何在Mac OSX 10.5上設定xgrid可讀取client的資料
設定Mac OSX 10.5的xgrid後，使用者會發現，雖然能submit job給xgrid，但是卻無法讓xgrid讀取本機上的資料，這是因為OSX 10.5對於安全性的要求又更加嚴格了，不允許外部隨意讀取本機資料。
如要開放資料夾供xgrid讀取的話，你必須鍵入以下的指令，編輯xgridagentd_task_nobody.sb
> sudo vi /usr/share/sandbox/xgridagentd_task_nobody.sb
該檔案之內容如下:
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- Nov 04 Wed 2009 11:17
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如何在Bioconductor中的marray指定Control
marray package是利用controlCode的表格來記錄control的點。
預設的controlCode，你可以在R利用以下指令看到:
>library(marray)
>controlCode
Pattern Name
