生物資訊與我的胡思亂想

MEME Suit是一個發掘DNA與蛋白質motif、TFBS (transcription factor binding site)的網頁程式，網址為: http://meme.nbcr.net。

優點: 視覺化，使用上還算直覺

缺點: 上傳檔案的字元數有限制，超過60000個字元即無法上傳 (如果你覺得不爽的話，可以把程式下載回去，安裝在自己的電腦上); 使用說明並不完整; 在FireFox下，有此按鈕會不能作用，要在IE下才能正常使用。

MEME Suit主要包含了兩個motif發掘工具，MEME和GLAM2。

MEME全名為Multiple EM for Motif Elicitation，其中EM指的是Expectation Maximization。

GLAM2 全名為Gapped Local Alignment of Motifs。

MEME和GLAM2主要的差別在於:

MEME: 找尋無間隔(ungapped)的motif

GLAM2: 可找尋有間隔(gapped)的motif

輸入檔案格式: FASTA格式。

輸入方式: 可用檔案上傳，或在文字欄位中輸入。

小叮嚀:

*在此網頁中，email欄位大多是必填的，若不填，會跳出訊息請你填，雖然有些地方不填email也可以，但是為免麻煩，乾脆有就填就好了，運算完成後，系統會寄信到你的email通知你。

使用前注意事項:

TFBS(transcription factor binding site):

 輸入的候選序列應該是根據microarray或ChIP等實驗證據而來。

輸入的序列應該越短越好 (<1000bp)，以免受到雜訊(noise)序列的影響。

 輸入的序列最好先以DUST掃過，去除low-complexity的部份。之後再要RepeatMasker去除重複的DNA element。

 MEME並不適合於Whole genome TFBS motif discovery

蛋白質:

 同TFBS，去除low-complexity的程式可使用SEG。