這是一個生物資訊的心得分享園地,如有缺誤,還請各位不吝指正。

 

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最近在處理一些系統發生樹(演化樹)的問題,用了一些傳統畫樹的工具,怎麼畫怎麼覺得醜,無意中發現有個不錯的網站搜集並整理了許多演化樹相關的工具,讓大家在處理演化樹時能有更多的選擇了。

 

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MEME Suit是一個發掘DNA與蛋白質motifTFBS (transcription factor binding site)的網頁程式,網址為: http://meme.nbcr.net

 

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試用感想:

畫面不錯,安裝時需注意,安裝路徑不可有中文,不然不能執行。在linux和mac上,demo會出不來。

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  • Nov 04 Wed 2009 23:30
  • Perl

Perl是生物資訊常用到的工具之一,因為在網路上還滿容易找到相關資料的,所以在此沒有特別撰寫專文說明,如果各位有特別的問題,可以提出來大家討論討論,我再針對問題回覆。


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待續


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簡介:

mpiBLAST是一開放原始碼的平行化BLAST程式,mpiBLAST將資料庫切割,並將切割後的數個子資料庫分派給計算叢集中的每個節點,每個節點均被分到一個唯一的子資料庫。資料庫分割後,讓每個節點只需搜尋資料庫中較小的子集,期望能將所需搜尋的資料全部都能存於記憶體(RAM)中,減少磁碟存取(disk I/Odisk I/O耗費的時間遠大於RAM存取的時間),以增加BLAST的效能。

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在JBuilder上安裝Jython

下載完成後,請先進入cmd,然後進入安裝檔所在的目錄下,鍵入java -jar jython_installer-2.x.x.jar。

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SAM(Significance Analysis of Microarrays)是一種用來尋找microarray中顯著基因的統計工具,是由VB撰寫而成的Excel增益功能,由於該程式是用VB寫的,所以目前只有Windows版本可用,其它作業系統還沒有支援。在Office的版本上,也只支援到2007以前的版本,雖然在Office 2007上可以安裝成功,但是卻無法使用。

 

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在bioconductor中讀取gpr檔發生錯誤的解決方案


當你在bioconductor中下

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