SAM(Significance Analysis of Microarrays)是一種用來尋找microarray中顯著基因的統計工具，是由VB撰寫而成的Excel增益功能，由於該程式是用VB寫的，所以目前只有Windows版本可用，其它作業系統還沒有支援。在Office的版本上，也只支援到2007以前的版本，雖然在Office 2007上可以安裝成功，但是卻無法使用。
本篇文章只討論SAM的安裝與使用，關於演算法的部份，未來有機會再以其他文章介紹。
安裝:
在安裝前，首先我們要先下載軟體，我們所需要下載的有:
Excel: 下載點 (這是不能說的秘密!!呵呵呵!)
R: 下載點 http://cran.cs.pu.edu.tw/bin/windows/base/
SAM: 下載點 http://www-stat.stanford.edu/~tibs/SAM/
安裝順序:
安裝時，就照預設值進行安裝(也就是「下一步」、「下一步」、…、「完成」)即可，當然你也可以做一些變更，只是不保證程式裝完能正常運作而已。
安裝完畢，開發人員還很貼心的在C:\Program Files\SAMVB\Examples目錄下放進範例檔，每個範例檔都是以「回應類型(response type)」來命名，使用者可依所需的「回應類型(response type)」，查看SAM的欄位命名規則所格式。
資料格式
在資料格式上，在Excel中的第一列與第一行、第二行有特別的限定:
第一列(row 1): 與「回應類型(response type)」有關，不同的「回應類型(response type)」，會有不同的編碼格式，我們將會在「回應格式(response format)」中另行說明。
第一行(Column 1): 基因名稱，使用者自行參考用的。
第二行(Column 2): 基因ID，也是給使用者參考用的，不過此行所包含的資料應該是像Clone ID、Accession number或基因名稱這類唯一的識別，如此才能依這些識別連結到SAM的SOURCE網站的。當然，你也可以不要用那些識別，只是連到網站會找不到東西而已。
其他的儲存格中所存放的是使用者的觀測值。
回應格式(response format)~~待續~~
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回應類型 |
說明 |
第一列編碼格式 |
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Quantitative |
量化分析 |
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Two class(unpaired) |
二類別不成對分析 |
兩組資料來自不同的來源(條件)，如控制組與對照組。 |
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Multiclass |
多類別分析 |
多組來源(條件)不同的資料 |
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Paired |
成對分析 |
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Survival data |
存活資料分析 |
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One class |
單一類別分析 |
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Time course, two class(unpaired) |
時間序列分析，二類別不成對 |
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Time course, two class(paired) |
時間序列分析，二類別成對 |
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Time course, one class |
時間序列分析，單一類別 |
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Pattern discovery |
模型發掘 |
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