生物資訊與我的胡思亂想

這是一個生物資訊的心得分享園地，如有缺誤，還請各位不吝指正。

最近在處理一些系統發生樹(演化樹)的問題，用了一些傳統畫樹的工具，怎麼畫怎麼覺得醜，無意中發現有個不錯的網站搜集並整理了許多演化樹相關的工具，讓大家在處理演化樹時能有更多的選擇了。

MEME Suit是一個發掘DNA與蛋白質motif、TFBS (transcription factor binding site)的網頁程式，網址為: http://meme.nbcr.net。

試用感想:

畫面不錯，安裝時需注意，安裝路徑不可有中文，不然不能執行。在linux和mac上，demo會出不來。

Perl是生物資訊常用到的工具之一，因為在網路上還滿容易找到相關資料的，所以在此沒有特別撰寫專文說明，如果各位有特別的問題，可以提出來大家討論討論，我再針對問題回覆。

待續

簡介:

mpiBLAST是一開放原始碼的平行化BLAST程式，mpiBLAST將資料庫切割，並將切割後的數個子資料庫分派給計算叢集中的每個節點，每個節點均被分到一個唯一的子資料庫。資料庫分割後，讓每個節點只需搜尋資料庫中較小的子集，期望能將所需搜尋的資料全部都能存於記憶體(RAM)中，減少磁碟存取(disk I/O，disk I/O耗費的時間遠大於RAM存取的時間)，以增加BLAST的效能。

在JBuilder上安裝Jython

SAM(Significance Analysis of Microarrays)是一種用來尋找microarray中顯著基因的統計工具，是由VB撰寫而成的Excel增益功能，由於該程式是用VB寫的，所以目前只有Windows版本可用，其它作業系統還沒有支援。在Office的版本上，也只支援到2007以前的版本，雖然在Office 2007上可以安裝成功，但是卻無法使用。

在bioconductor中讀取gpr檔發生錯誤的解決方案