Next Generation Sequencing (NGS) 又稱為 High-Troughput Sequencing (HTS)、Flow Cell Sequencing (FCS)、Massively Parallel Sequencing (MPS)、…。

Next Generation Sequencing這個名稱是相較於傳統定序技術而言。

傳統的定序技術包括:

  • Chemical Sequencing
  • Sanger Sequencing

 

不過一般見到「傳統定序技術」大部份是指Sanger的定序方法，相關的說明將會另闢文章詳述。

傳統定序技術與Next Generation技術比較明顯的差別在於產出的序列數量與序列長度，Next Generation技術產出的序列數量遠大於傳統定序技術，且序列長度也較短。

 

目前的Next Generation Sequencing技術包括:

454

Solexa

SOLiD

tSMS

Company

Roche

Illumina

ABI

Helicos

Sequencing Method

Pyrosequencing

Reversible Terminator

Supported Oligo Ligation

Single Molecule Sequencing

Read Length

300~400 base

36~2×75 base

36 base

25~45 base

Error Rate

~1%

>1%

~0.1%

<1%

Data/Run (Gb)

0.1

1~3

2~3

8

Time/Run

7.5 hrs

3~5 days

Up to 8 days

14 days

Cost/Gb

$84,000

$6,000

$6,000

$2,500

PCR Emulsion PCR Bridge PCR Emulsion PCR -

*主要參考資料:Robert A. Holt and Steven J.M. Jones. 2008. The new paradigm of flow cell sequencing .Genome Research 10.1101/gr.073262.107

*註:上述之資訊僅供參考，實際狀況可能會因技術之演進有所變化。

 

目前新一代定序技術(Next Generation Sequencing)主要的應用在於:

  • 尋找SNP與突變(mutation)
  • 基因轉錄體(transcriptome)的定序
  • mRNA表現分析
  • Small RNA之發掘與分析
  • DNA-蛋白質 交互作用分析
  • 甲基基因體分析
  • 重頭定序(de novo sequencing)
  • …

 

而目前定序結果Alignment的工具有:

  • ELAND
  • MAQ
  • SOAP
  • RMAP
  • ZOOM
  • SeqMap
  • Slider
  • Bowite
  • SHRiMP
  • RazerS
  • SOAP2

當然，還是有人使用BLAST或BLAT等傳統工具進行Aligment，但是當資料量很大時，使用傳統工具所花費時間將會很可怕。

 

雖然看起來新一代定序技術的出現好像讓世界變得更加美好，實際上呢! 好像也沒那麼美好，目前我只能說，它們會產生很大的資料量，但是所產生資料的正確性似乎也還存在著一些問題，此外，這麼多的資料該如何處理也是一大挑戰。

閼於各個定序技術的詳細說明、生物資訊分析方法介紹與分析方法的比較我會另闢文章說明，以免文章太長，不易閱讀。

待續…

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