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marray package是利用controlCode的表格來記錄control的點。
預設的controlCode，你可以在R利用以下指令看到:
>library(marray)
>controlCode
   Pattern      Name     
1  "Buffer"     "Buffer" 
2  "Empty"      "Empty"  
3  "EMPTY"      "Empty"  
4  "AT"         "Negative"
5  "NC"         "Negative"
6  "M200009348" "Positive"
7  "M200012700" "Positive"
…
因為太多了，所以只列前幾個。
其中Pattern可以是gpr檔的ID，也可以是Name，但是在使用時需指明是ID還是Name。
 
如果我要指定我的control，首先，我得建立自已的controlCode檔案。
假設我gpr檔中Name為a、b、c的點均為control，那麼我應該建立一個用tab分隔的文字檔，我姑且命名為newControlCode.txt，內容為:
Pattern   Name
       a     con
       b     con
       c     con
 
上面的編排方式只是為了方便閱讀，實際上是用tab來分隔。
 
接下來我們在R中將newControlCode.txt讀入，放到newControlCode的變數中
>newControlCode=as.matrix(read.table("newControlCode.txt", sep="\t", header=TRUE, quote="\"", fill=TRUE))
 
現在讀入gpr檔(這個動作和讀入newControlCode哪一個先做都沒關係)
>temp=read.GenePix("data.gpr",sep="\t",skip=31)
 
此時，我們可以先看看原始control的訊息是什麼樣的。
>temp@maLayout@maControls
 
 然後把我們剛才自訂的controlCode指定到temp的資料中
maControls(temp@maLayout)=maGenControls(mraw@maGnames@maInfo,controlcode=newControlCode,id="Name")
 
這樣就指定完成了，其中id="Name"指的是，原newControlCode中的Pattern對應的是gpr檔的Name。
現在，我們再下指令看看control的訊息變成什麼樣
>temp@maLayout@maControls
 
原來Name是a、b、c的spot應該都顯示為con了。
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